از نظر تاریخی مسئلة شر به عنوان دلیلی منطقی بر ضد وجود خدا و مغالطة هست-باید، هر دو میراث هیوم هستند. در حالی که این دو میراث با یکدیگر قابل جمع نیست. نمی‌توان دانش را از ارزش جدا دانست و همزمان از وجود شر به عنوان دلیلی برای قضاوت در خصوص وجود چیزها استفاده کرد. در واقع تمسک به مسئلة شر به عنوان دلیلی بر ضد وجود خداوند نمونه‌ای از استنتاج گزاره‌های عینی از احکام ارزشی است و چنین استنتاجی از زمان هیوم با عنوان مغالطة هست-باید منع شده است.
البته هیوم استدلال خود را فقط در مورد وجود و صفات خداوند مطرح کرده بود. استدلال او این بود که حتی اگر وجود خدا اثبات شود از این مطلب نمی‌توان نتیجه گرفت که باید خدا را عبادت کرد. اما بعد از هیوم این استدلال صورت متفاوتی گرفت و هر گونه استدلالی که در آن "باید" از هستها استنتاج شود، مغالطی تلقی شد. یک بیان از مغالطة هست-باید این است که از هزاران مقدمه که از "هستها" خبر می‌دهند اگر نتیجه‌ای بگیریم که در آن "بایدی" باشد دچار مغالطه شده‌ایم. چون این "باید" در مقدمات وجود نداشت و استدلالی که نتیجة آن در مقدمات نباشد مغالطی است.
اگر این مطلب درست باشد دانش و ارزش از یکدیگر جدا می‌شوند و هر گونه ارتباط استنتاجی بین دانش و ارزش نفی می‌شود. چون احکام دانش تجربی از هستها خبر می‌دهند و احکام اخلاقی از ارزش‌ها و بایدها و کسانی که احکام اخلاقی را نسبی می‌دانند و قصد دارند از عینیت دانش تجربی دفاع کنند جدایی دانش از ارزش را با انگیزة دفاع از عینیت علم دنبال می‌کنند.
در ارزیابی این استدلال اغلب به نمونه‌های نقض تمسک شده است. به عنوان نمونه اینکه یک کودک خونریزی شدیدی دارد یک واقعیت تجربی است که در علم پزشکی از آن نتیجه می‌گیرند باید کودک را فورا به بیمارستان منتقل کرد. یا از وجود جاذبه نتیجه می‌گیریم که برای پرتاب سفینه باید بر نیروی جاذبه غلبه کند. اما هدف ما نقد این استدلال نیست که از هستها نمی‌توان بایدی استنتاج کرد. بحث در این است که اگر این استدلال درست باشد عکس آن نیز صادق است. یعنی از گزاره‌های بیانگر ارزشهای اخلاقی نیز نمی‌توان نتایجی عینی گرفت. در مسئلة شر از وجود شرور نتیجه‌ای عینی گرفته شده است و همان استدلال که استنتاج باید از هست را منع می‌کند استنتاج نیست از نباید را نیز منع می‌کند.
طرح مسئلة شر در نظام فکری هیوم مشکل دیگری نیز دارد. هیوم دلیل استقرایی را تعمیم بی‌دلیل می‌داند و دلیل قیاسی را نیز به دلیل آنکه فقط آنچه در مقدمات است در نتیجه تکرار می‌شود، تکرار مکررات و بی‌فایده تلقی می‌کند. اکنون می‌توان گفت مسئلة شر به عنوان دلیلی بر ضد خداوند اگر قیاس است صرفا تکرار مقدمات است و چیزی جدای از مقدمات مفروض خود را نتیجه نمی‌دهد و اگر دلیلی تجربی است نتیجة آن فاقد اعتباری قطعی است.
در اینجا بحث از معیارهای دوگانه است که در بحث از خداباوری وجود دارد. یک استدلال کلامی که متضمن مفهوم علیت است تا زمانی که برای شبهة هیوم در مورد علیت پاسخی قطعی مطرح نشود بی‌اعتبار است و هر گونه استدلال قیاسی فاقد نتیجه و بی‌اهمیت است. اما این قبیل محدودیت‌ها برای ملحدین و بحث‌های الحادی وجود ندارد. به سادگی استدلال می شود که مسئلة شر یک قیاس قاطع منطقی است که از آن می‌توان نتیجه گرفت خدایی وجود ندارد. آیا اینکه هر قیاسی این‌همانگویی و تکرار مکررات است فقط مشکل روش قیاسی الهیات است؟
