شاید این جمله که «می اندیشم پس هستم» مشهورترین جملة در تاریخ بشر باشد. نخست آگوستین بود که استدلال کرد در اوج شک هم که باشیم هنوز می توانیم بگوییم اگر خطا می کنم پس هستم. [1] دکارت نیز استدلال می‌کند که حتی اگر اهریمنی شریر تمام توان خود را در فریفتن من به کار برده است، باز به دلیل اینکه فریب می‌خورم هستم. آن اهریمن «هرگز نمی‌تواند کاری کند که من در همان حال که فکر می‌کنم چیزی هستم، معدوم باشم» (تأملات، 37) بنابراین از نظر دکارت قضیة «می‌اندیشم پس هستم» که به قضیه ی کوجیتو معروف است، بالضروره صادق است. چون شک در این قضیه نیز مستلزم صدق آن است و تا وجود نداشته باشم امکان ندارد در آن شک کنم. بنابراین تا زمانی که می‌اندیشم محال است وجود نداشته باشم.
از نظر دکارت من موجودی هستم که می اندیشم. یعنی اندیشه ذات مرا می سازد. هابز به دکارت اشکال می کند که از می اندیشم می توان نتیجه گرفت که من هستم. اما نمی توان نتیجه گرفت که من اندیشه هستم. مثل این است که کسی بگوید راه می روم پس هستم. اما از این مطلب نمی توان نتیجه گرفت من راه رفتن هستم.
اما توجه داشته باشیم که فکر سه معنا دارد: عمل فکر کردن، قوه فکر کردن و محصول فکر .
دکارت در اعتراضات توضیح می دهد که ماهیت انسان در این است که قوه اندیشیدن دارد. بنابراین منظور او این نیست که ماهیت انسان در عمل فکر کردن و یا در محصول آن خلاصه می شود. پس روح یعنی آنچه واجد قوه تعقل است.[2] ( اعتراضات 216) بنابراین در فلسفه دکارت حیوان که فاقد تعقل است دیگر نمی تواند روح داشته باشد. دکارت تعقل را برای شناخت کافی می داند و بدن و تجربه حسی را مانع شناخت تلقی می کند. او می گوید بدن برای اندیشه مورد نیاز نیست. بدن مانند زنجیری است که از کودکی به پای ما بسته اند و کودک گمان می کند برای راه رفتن به این زنجیر نیاز است. (اعتراضات، 152)
با اینکه دکارت کوجیتو را یقینی ترین قضیه می داند اما به این قضیه اشکالاتی شده است.
دکارت می گوید اندیشه از من قابل تفکیک نیست. اما گاسندی اشکال می کند که آیا در هنگام خواب سنگین و یا در دوران جنینی و نوزادی نیز تعقل و اندیشه وجود دارد؟ ( اعتراضات 341)
مشکل اصلی این است که دکارت در کوجیتو برای اثبات وجود خود به وجود اندیشة خود، تمسک می‌کند. اما همانطور که از سخنان بوعلی سینا استفاده شده است چنین استدلالی ناتمام است . چون در می اندیشم وجود من مفروض است و تمسک به می اندیشم برای اثبات وجود من استدلالی دوری است. بنابراین با تمسک به اندیشه نمی‌توان بر وجود نفس استدلال کرد. چون اندیشه‌ای که به آن تمسک می‌شود یا مطلق اندیشه است و یا اندیشة مقید( اندیشة من). اندیشة مطلق بر وجود من دلالت نمی‌کند. اینکه اندیشه‌ای هست فقط نشان می‌دهد که اندیشمندی نیز هست. اما نمی‌توان گفت آن اندیشمند من هستم. اما اگر به اندیشة مقید، یعنی اندیشة من، تمسک شود در این صورت وجود من از پیش مسلم فرض شده است.
از نظر ابن سینا هر فردی وجود خود را با علم شهودی می‌یابد. او با یک آزمایش فرضی که به برهان هوای طلق معروف است، نشان می دهد که اگر شخصی فاقد تمام مصادیق اندیشه شود و حتی بدن خود را نیز تجربه نکند هنوز وجود خود را تجربه می کند. بنابراین وجود نفس همان وجود بدن نیست.
