اغلب ادعا می شود در غرب فلسفة مدرن عامل تحول علوم تجربی بود. اما فلسفة مدرن معجونی از نظامهای متضاد و ناسازگار است که هر یک مسیر و روش متفاوتی را توصیه می کنند و علم مدرن با انسجامی که دارد نمی تواند محصول این تعارض و تضاد باشد. معمولا گفته شده بیکن روش استقرایی را تدوین کرد و دکارت نیز علوم تجربی را با روش ریاضی آشنا کرد. اما ابتکار بیکن جدولهای سه گانه است و همانطور که دمتر نشان می دهد هیچ دانشمندی از جدولهای بیکن استفاده نکرد. راسل هم استدلال می کند که بیکن به دلیل نادیده گرفتن نقش ریاضی نمی تواند پدر علوم جدید باشد. اصلا روش استقرایی از بیکن نیست و نخست ارسطو بود که در آثار خود از این روش به تفصیل دفاع کرد.
استفاده از ریاضی در علوم تجربی نیز میراث دکارت نیست. دکارت هیچ گاه نمی گفت در کنار تجربه به ریاضی نیز نیاز است. ادعای او این بود که شهود و قیاس باید جایگزین روش تجربی شود. او تجربه را مزاحم شناخت می دانست و روش او در برابر روش نیوتن است که فیزیک خود را حاصل تجربه می دانست و می گفت فرضیه جعل نمی کنم. جان لازی در مورد فرضیه هایی که دکارت با روش پیشین جعل می کرد گزارشی کوتاه و خواندنی دارد. جالب است که دکارت حتی در برابر کشفیات تجربی زمان خود نیز مقاومت می کرد و آنچه را بر اساس فلسفه خود به آن رسیده بود ترجیح می داد.
جان یاک در کتاب «نیوتن فیلسوف» نشان می دهد که اندیشة نیوتن و دکارت از لحاظ روش، متافیزیک و فیزیک با یکدیگر تقابل دارند. او می گوید:
لایب نیتز که پیرو دکارت است از منتقدین سرسخت نظام نیوتن بود. خود نیوتن نیز با اشاره به فلسفه دکارت می گفت: «ساقط کردن این فلسفة را از اهم امور تلقی می کنم تا پایه های استوارتری برای علم مکانیک بنا سازم» (جانیاک، 249)
نتایج فلسفه دکارت نیز با فیزیک نیوتن قابل جمع نیست. نیوتن اتمیست است و فضای جدای از جسم را ممکن می داند. اما دکارت جسم را به امتداد تعریف می کرد و وجود اتم را انکار می کرد. او فضای تهی را مفهومی متناقض می دانست. چون بر اساس تعریف او از جسم، هر کجا که امتداد هست جسم نیز وجود دارد. او در فیزیک خود به جرم، ثقل و نیرو توجه چندانی نداشت. در حالی که این سه مفهوم برای فیزیک نیوتن حیاتی هستند. دکارت حرکت را ناشی از تماس یک جسم با جسم دیگر می دانست و تأثیر از راه دور را که در قانون گرانش مطرح می شود ناممکن می دانست. اما نیوتن با طرح مفهوم فضای مطلق مفهوم امتداد را از مفهوم جسم جدا کرد. لذا در نگاه او خلا ممکن است و فضای بین اتمها می تواند خالی باشد. ضمن آنکه در فیزیک نیوتن برای تحقق حرکت نیازی به تماس و برخورد بین دو جسم نیست.
تقابل فلسفه دکارت با نظام نیوتن صرفا یکی از موارد تقابل علم مدرن با فلسفه مدرن است. این تقابل در هیوم و کانت نیز به شکل دیگری مطرح است. به عنوان نمونه اصل علیت در هیوم انکار می شود و او به روش استقرایی که روش نیوتن است اعتمادی ندارد. در کانت نیز فضا و زمان ذهنی می شود. بنابراین این ادعا که در غرب فلسفه هدایتگر علوم تجربی و منشا پیشرفت صنعت و اقتصاد است یک دروغ بزرگ است. از دکارت به بعد فلسفه به عنوان یک شاخة معرفتی زبانی تخصصی پیدا کرد و ارتباط آن با دانش تجربی به گونه ای تضعیف شد که اکنون دیگر نه فیلسوفان زبان علم را می فهمند و نه دانشمندان زبان فلسفه را. البته هنوز علم و صنعت فلسفه خودش را دارد. اما این فلسفه در ذهن دانشمندان و صنعتگران است. جانیاک در کتاب «نیوتن فیلسوف» تلاش دارد به عنوان یک نمونه نشان دهد که فلسفة نظام نیوتنی از خود آثار نیوتن قابل استخراج است و این فلسفه لزوما با آنچه در آثار فلسفی زمان او بیان می شود یکی نیست.
